Vào năm 1894, Czapski đã chuyển đến thành phố hoàng gia Kraków thuộc Phân vùng Áo cùng với bộ sưu tập khổng lồ của mình. Nơi đây được coi như một trung tâm văn hóa và nghệ thuật, và do tiếng Ba Lan vẫn là ngôn ngữ của chính quyền địa phương, mà thành phố còn có tên gọi là "Athens Ba Lan".[9] Sau khi ông qua đời vào năm 1896, vợ của ông đã hiến tặng bộ sưu tập cho thành phố vào năm 1903 cùng với cung điện mà ông mua vào năm 1894. Cung điện này sau đó trở thành Bảo tàng Emeryk Hutten-Czapski ở Kraków,[10] [11] hiện là một phần của Bảo tàng Quốc gia Kraków hiện nay.

Tác phẩm gồm 5 tập của ông về tiền xu Ba Lan đến giờ vẫn là nguồn tư liệu quan trọng cho việc sưu tầm tiền xu của quốc gia này. Vào năm 2016, trong khuôn viên của Bảo tàng Emeryk Hutten-Czapski, Bảo tàng Quốc gia đã dành một khu vực riêng cho cháu trai của Emeryk là họa sĩ Jozef Czapski.[12]